
中国科学院微生物研究所、中国微生物学会主办
文章信息
- 郑克溪, 张阿梅
- ZHENG Kexi, ZHANG A-Mei
- IFN-λ家族基因遗传多态性与HBV感染、病毒复制及清除的关系
- Correlations between genetic polymorphism of IFN-λ family gene and HBV infection, virus replication and clearance
- 生物工程学报, 2022, 38(3): 893-902
- Chinese Journal of Biotechnology, 2022, 38(3): 893-902
- 10.13345/j.cjb.210310
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文章历史
- Received: April 26, 2021
- Accepted: July 16, 2021
乙型肝炎病毒(hepatitis B virus, HBV) 是导致乙型肝炎的病原体,该病毒属嗜肝DNA病毒科正嗜肝DNA病毒属,其基因组较小,约3 200 bp。HBV进入细胞后,形成共价闭合双链环状结构(covalently closed circular DNA, cccDNA)。cccDNA是一类高度稳定的DNA,且在细胞内持续存在时间较久(可长达几年),因此导致HBV感染者的抗病毒治疗效果不佳。HBV感染是全球范围的严重公共卫生问题[1],据世界卫生组织(World Health Organization, WHO) 统计,到2015年全球约有3.25亿人感染病毒性肝炎,其中2.57亿人被检测为乙型肝炎表面抗原(hepatitis B surface antigen, HBsAg) 阳性,即慢性乙肝感染(chronic hepatitis B, CHB)[2]。亚洲和非洲是人口密度较高的地区,全球约60%的人口生活在该地区,且这些地区的国家多数为发展中国家,由于人们的生活水平和医疗条件等限制,导致这些地区HBV感染率和流行率相对较高。部分HBV感染者经过急性感染期后会自愈,而另外一部分会进展为慢性HBV感染,少数甚至发展为肝硬化或肝细胞癌(hepatocellular carcinoma, HCC)[3]。虽然我国已普及婴幼儿免费接种乙肝疫苗的政策,但由于我国人口基数较大,且偏远落后地区医疗条件限制等因素,导致我国仍属于乙肝大国。目前临床上常用的治疗HBV感染的药物为干扰素α (interferon alpha, IFN-α) 和聚乙二醇干扰素(peginterferon, PegIFNs),替诺福韦(tenofovir) 和恩替卡韦(entecavir) 新型抗病毒药物治疗效果优于干扰素,具有靶向性好、耐药屏障高、副作用少等优点,可被用于长期抗HBV的治疗用药[4]。
HBV感染、患者病程进展和治疗效果受到多方面因素的影响,生活环境和习惯、病毒载量和宿主的遗传因素等均可能影响HBV的致病。宿主的免疫遗传易感因素在HBV感染、病程进展和治疗效果中具有至关重要的作用。已有研究表明,人类白细胞抗原(human leukocyte antigens, HLAs)、细胞因子、趋化因子基因、toll样受体(toll-like receptor, TLRs) 等的遗传多态位点与HBV感染等具有相关性[5]。全基因组关联分析(genome-wide association studies, GWAS) 结果表明,宿主遗传变异与慢性HBV感染密切相关[6]。Ⅲ型干扰素(interferon lambda, IFN-λ) 是一类具有抗病毒和免疫调节等功能的细胞因子,由于IFN-λ的受体分布具有组织和细胞特异性,其抗病毒能力受到一定限制,但其受体在肝细胞中表达[7],因此IFN-λ可以作为潜在HBV感染的治疗用药。本文对HBV感染者IFN-λ家族基因的遗传易感性研究进行了总结,以期为后续的个体化治疗和药物研发奠定理论基础。
1 IFN-λ基因家族成员组成及其功能干扰素(interferon, IFN) 是1957年Isaacs等在研究流感病毒时发现的第一个细胞因子[8],是一类具有抗病毒功能的可溶性糖蛋白[9]。干扰素分为3种类型,即Ⅰ型、Ⅱ型和Ⅲ型干扰素。Ⅰ型干扰素家族包括IFN-α和IFN-β,Ⅱ型干扰素包括IFN-γ,而IFN-λ属于Ⅲ型干扰素家族成员[10],该家族包括较早发现的IFN-λ1 (IL-29)、IFN-λ2 (IL-28A) 和IFN-λ3 (IL-28B)[9-11],以及近几年发现的IFN-λ4[12]。虽然各类干扰素均具有广谱抗病毒的生物学功能,但是不同类型干扰素的作用方式存在差别[13]。
IFN-λ家族的基因均位于人类19号染色体q13.13区,其编码产物与受体识别后发挥其生物学活性。IFN-λ家族受体的组成形式与IFN-α/β家族存在较大差别,IFN-α/β家族受体由IFN-α/β受体1 (interferon alpha receptor 1, IFNAR1) 和2 (IFNAR2) 两个同源亚基组成,而IFN-λ家族受体是由干扰素λ受体1 (interferon lambda receptor 1, IFNR1) 和白介素10受体2 (interleukin-10 receptor 2, IL-10R2) 组成的异源二聚体[7]。除IFN-λ4以外,IFN-λ家族成员的蛋白序列具有较高的同源性,IFN-λ1与IFN-λ2和IFN-λ3的同源性分别为81%和96%[10]。虽然IFN-λ3与IFN-λ4的基因编码序列有重叠部分,但由于遗传变异位点导致的剪切方式发生改变,二者之间的蛋白序列同源性仅为30%[12-14]。
虽然IFN-λ家族与IFN-α/β家族成员识别的受体不同且差异较大,但二者均主要激活Janus激酶/信号转导与转录激活子(Janus kinase- signal transducer and activator of transcription, JAK-STAT) 信号通路[7],因此其在功能上与Ⅰ型IFN (IFN-α和IFN-β) 相似,无论在体外还是体内均具有较强的抗病毒、抗肿瘤活性及免疫调节等功能[10],该家族蛋白可通过与表达IFN-λ受体的多种靶细胞的配体相互识别,激活相应的抗病毒信号通路[15]。不同研究人员对小鼠感染模型的研究结果表明,IFN-λ家族成员具有广谱的抗病毒功能,包括抑制流感病毒[16]、神经侵入性西尼罗河病毒感染[17]、抑制人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus, HIV) 的复制[18]等。由于IFN-λ相较于IFN-α具有副作用小的优点,所以IFN-λ成为近些年抗病毒先天免疫研究的焦点之一。
IFN-λ与多种传染性疾病的感染和炎症发展具有相关性。Chen等通过研究发现,IFN-λ1通过直接激活JAK-STAT信号通路影响核因子-κB (nuclear factor kappa-B, NF-κB) 的转运,从而抑制破骨细胞释放促炎因子及NOD样受体蛋白3 (nucleotide-binding oligomerzation domain-like receptor protein 3, NLRP3) 炎性小体的形成[19]。2020年,Li等的研究数据表明,IFN-λ2和IFN-λ3可以诱导干扰素刺激基因(interferon stimulated gene, ISGs) 的表达从而限制狂犬病毒的感染,通过降低病毒透过血脑屏障的能力,以减少病毒引起的神经性炎症,从而减弱其致病性[20]。除此之外,GWAS的研究结果提示IFN-λ3基因的遗传多态性与丙型肝炎病毒(hepatitis C virus, HCV) 感染者的病毒自发清除率及治疗后病毒清除率具有相关性[21-22]。2013年,Prokunina-Olsson等首次报道了IFN-λ4,该蛋白是否表达受到宿主基因遗传多态性的影响,当单核苷酸多态位点(single nucleotide polymorphism, SNP) rs11322783为等位基因ΔG时,IFN-λ4正常表达;而该位点等位基因TT导致移码突变而使该基因失活[12]。IFN-λ4可以诱导ISGs的表达,促进信号转导和转录激活因子1 (signal transducers and activators of transcription 1, STAT1) 和2 (STAT2) 的磷酸化,从而激活其信号通路发挥抗病毒作用[23]。但Eslam等和Ray通过分析肝炎和肝纤维化患者的IFN-λ3和IFN-λ4联合区域后,认为IFN-λ3是该区段功能的执行者,而IFN-λ4似乎未针对这类患者发挥作用[24-25]。
2 IFN-λ具有抑制HBV复制和增殖的作用由于IFN-λ在肝脏中的表达量较高,且其具有较强的抗病毒和免疫调节功能,因此在病毒性肝炎特别是HBV感染中发挥较重要的作用。慢性HBV感染是导致重症肝病的主要原因之一,其病程进展一般分为4个阶段:免疫耐受阶段(immune tolerant, IT)、免疫活性阶段(immune active, IA)、非活动性慢性乙型肝炎(inactive chronic hepatitis B, ICH) 阶段和乙型肝炎e抗原阴性(hepatitis B e antigen (HBeAg)-negative, ENEG) 肝病阶段。IFN-λ在不同阶段的慢性HBV感染者中功能存在一定的差异。2017年,Romani等分析了HBV感染患者4个不同阶段的37个免疫相关基因的表达情况,发现IFN-λ2和IFN-λ3的mRNA表达水平在IT阶段升高,而在IA阶段降低,该差异表达可能协助调整对慢性HBV患者病程进展不同阶段的用药[26]。
研究人员对IFN-λ抑制HBV复制和增殖的机制展开了大量的研究。2005年,Robek等用不同剂量IFN-λ处理可感染HBV的小鼠永生化肝细胞系(HBV-Met),检测IFN-λ对HBV复制的抑制作用,结果证实IFN-λ可以诱导ISGs的表达,从而发挥抑制HBV复制的功能[27]。随后,该研究组发现IFN-λ对HBV的抑制作用机制与其他干扰素类似,通过阻止细胞质中HBV衣壳的形成进而抑制HBV的复制[28]。Sun等发现IFN-λ1与重组人粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子和重组人白细胞介素4联合使用可以诱导慢性HBV感染青少年的树突状细胞(dendritic cell, DCs) 成熟,促进DC抗原呈递能力,增强宿主清除HBV的免疫能力[29]。Bockmann研究小组通过比较人原代肝细胞和HepaRG细胞中Ⅰ型和Ⅲ型IFN的抗HBV作用是否存在差别,发现IFN-λ1和IFN-λ2与IFN-α均能有效诱导HBV cccDNA的降解[30]。
IFN-λ3是目前研究较多的IFN-λ家族成员,Makjaroen等用IFN-λ3处理稳定复制HBV的人肝癌细胞系(HepG2.2.15) 后发现,IFN-λ3的处理导致HBV转录本和细胞内HBV DNA水平降低,随后对其进行定量蛋白组学分析,证实IFN-λ3通过诱导抗病毒基因的表达从而抑制了HBV的复制[31]。Yamada等同样用IFN-λ3对HepG2.2.15细胞进行处理,证实IFN-λ3降低了HBV cccDNA的合成,并且HBsAg和乙型肝炎核心抗原(hepatitis B core antigen, HBcAg) 的表达量均有所减少,且其减少量与IFN-λ3的剂量成正比[32]。Guo等进行了类似的研究得到同样的结论[33]。2014年,Cao等研究了白细胞介素27 (interleukin, IL-27) 和IFN-λ1是否对HBV复制存在影响作用,结果显示在IFN-α的介导下,IL-27和IFN-λ1协同作用从而抑制了HBV蛋白的表达及病毒衣壳蛋白DNA的复制[34]。以上细胞实验结果提示,IFN-λ在细胞水平既有直接抑制HBV增殖的能力,又可以通过诱导其他抗病毒蛋白的表达,从而增强机体清除HBV的能力。
HBV感染的动物模型中IFN-λ表达情况及作用机理的研究相对较少,以转基因小鼠模型研究为主。2010年,Pagliaccetti等报道IFN-λ2在转基因小鼠肝脏中具有较弱的抗HBV活性,而人血清中IFN-λ2的抗HBV活性更低,可能由于血液蛋白酶对IFN-λ2具有较强的消化作用[28]。Giersch等证实了IFN-α和IFN-λ能够有效降低HBV感染的转基因小鼠中HBsAg水平[35]。以上研究表明,IFN-λ家族成员无论在细胞水平还是动物水平均对HBV复制具有明显的抑制作用,且其抗HBV的机制具有多元化特点,为抗HBV新药的研发奠定了基础。
Cheng等的研究结果指出,HBV感染不是通过激活肝细胞的IFN路径发挥抗病毒作用,而是通过刺激巨噬细胞进而激活天然免疫途径,但这一免疫过程的前提条件是较高滴度的HBV感染;同时,作者表明虽然HBV感染不能激活IFN抗病毒途径,但其同样不能阻止IFN激活途径发挥抗病毒作用[36]。在HBV与HCV共感染的患者中,当IFN信号通路被抑制时,HBV的抑制作用被减弱,表明IFN信号通路在抗HBV病毒增殖中具有重要作用,且其下游产生的细胞因子具有评估HBV再激活的临床价值[37]。以上研究结果提示,虽然HBV感染可能不会激活机体的IFN途径进而抑制感染,但IFN药物的应用和其他因子对该信号通路的激活,对抑制HBV的复制、增殖及临床评估具有重要功能。
HBV可与其他病毒合并感染进而导致症状加重,由于丁型肝炎病毒(hepatitis D virus, HDV) 在体内生长的生命周期需要HBV的参与,且可导致较严重的肝病,因此研究二者合并感染尤为必要。2018年,Zhang等发现在黑色素瘤分化相关基因5 (melanoma differentiation- associated gene 5, MDA5) 的介导下,HDV能有效激活IFN-β和IFN-λ及其下游ISGs的表达,但IFN却不能有效抑制HDV的复制[38]。HDV感染导致IFN-β和IFN-λ的水平升高,使HBV抗原表位的表达增加,进而激活了针对HBV的细胞毒性T细胞,发挥其免疫辅助的生物学功能[39]。由此可见,HDV能增强IFN表达进而刺激机体免疫反应,发挥抑制HBV复制的效果,进一步研究后有望成为辅助HBV治疗的措施之一。
3 IFN-λ基因遗传多态性与HBV的感染和致病具有相关性研究人员就IFN-λ基因的遗传多态性(即单核苷酸多态位点,single nucleotide polymorphism, SNP) 是否与HBV感染及致病具有相关性展开了研究。由于IFN-λ3的SNP位点rs12979860和rs8099917与HCV的感染和病毒清除率具有相关性,因此也是HBV感染人群中较常研究的遗传变异。这两个SNPs的基因型与IFN-λ3的表达水平具有相关性,Grzegorzewska等研究发现rs8099917位点TT基因型的血液透析(hemodialysis, HD) 患者表现出较高的IFN-λ3水平,但rs12979860的基因型不影响IFN-λ3的表达水平[40]。随后,该研究小组分析了HD治疗患者编码吲哚胺2, 3-双加氧酶(indoleamine 2, 3-dioxygenase, IDO) 的IDO1基因和IFN-λ4的SNPs是否影响HBV疫苗接种者或HBV感染者抗-HBs产生的能力,发现IDO1的SNP与抗-HBs的产生无相关性,但IDO1基因和IFN-λ4的SNP基因型互作与抗-HBs的滴度水平具有相关性[41]。同样地,IFN-λ4的rs368234815位点基因型与抗-HBs的滴度水平具有相关性,∆G/∆G基因型的HBV疫苗接种人群或感染者不易产生高滴度的抗-HBs,因此该位点的基因型可以用来预测宿主对HBV疫苗接种的应答反应[42]。
2017年,Song等在中国云南人群HBV感染患者中进行IFN-λ3的遗传变异分析,未发现SNPs rs12979860、rs8099917和rs12980275的基因型和等位基因型与HBV感染有关,但证实白细胞(leukomonocyte, LYM) 水平与rs12979860和rs12980275的基因型具有相关性,推测LYM水平可能受到该基因遗传变异的影响,从而影响病程进展[43]。随着对HBV感染者IFN-λ基因多态性研究的增多,对其进行Meta分析的报道也越来越多。2016年,Zhang等分析发现IFN-λ3 rs8099917的基因型TT可能与HBV感染导致的HCC风险降低相关,而rs8099917等位基因G和rs12979860的TT基因型则可能会增加HBV导致的HCC的风险[44]。Qin等的分析结果证实了Zhang等的结论,并且发现IFN-λ3 rs12979860的CC基因型也能预防由HBV引起的HCC[45]。然而,最近的Meta分析结果显示无论是亚洲人群还是中国人群,IFN-λ3的rs12979860、rs12980275和rs8099917多态性均与HBV感染患者的临床结局无关[46]。因此,需要在不同的人群中开展研究,以分析不同种族或民族间遗传易感因素与HBV感染的相关性。
IFN-λ基因多态性除了与HBV感染后患者的免疫应答、病程进展及其导致的肝细胞癌具有相关性外,也可能通过与其他基因相互联合作用影响HBV患者的自发性病毒清除率。2017年,Chen等在中国人群中分析了397名HBV相关的慢性肝病患者、434名HBV感染后自发清除者和238名健康个体的IFN-λ4基因多态性,未发现IFN-λ4的SNP与HBV感染及自发清除之间的相关性。但他们证实了HLA-DQ基因的rs9275319和IFN-λ4基因的rs12971396和rs12979860位点具有SNP-SNP互动作用从而影响HBV的感染与患者的自发清除[47]。Ma等收集了3 128位汉族受试者(分别为健康对照组、HBV自然清除组、CHB组、肝硬化组和HCC组) 进行IFN及其受体基因的基因型分析,推测IFN-λ4基因中的3个SNP位点rs12971396、rs8113007和rs7248668可能是HBV感染及其导致的肝病病程进展的重要易感因素,并且为其他干扰素基因遗传变异(如IFNA1、IFNA2、IFNLR1和IFNAR2等) 预测宿主HBV感染的结局提供了强有力的证据[48]。
目前针对IFN-λ3和IFN-λ4基因遗传变异与HBV感染、病毒复制及自然清除率间关系的研究相对较多,但在不同的人群研究结果具有一定的差异性,因此有必要扩大研究对象进一步验证其作用。同时,可以对具有统计学差异的SNP位点的不同基因型构建相应的质粒(如外显子差异表达质粒、启动子区域质粒等) 进行细胞和动物水平的功能研究,判断该差异SNP位点是否对HBV的感染、增殖及病毒清除具有影响作用,进而分析其发挥功能的生物学途径。此外,需要扩展研究IFN-λ家族的另外2个基因,从而深入分析该家族基因在HBV感染中的作用,为抗HBV新药的研发奠定理论基础。
4 IFN-λ基因多态性与HBV感染患者治疗效果的研究进展IFN-α和PegIFNs是临床上治疗慢性HBV患者的常用药物,而IFN-λ基因遗传变异已被证实与患者的HBV自发清除具有相关性,那么是否该基因的SNP位点基因型或等位基因型也参与到药物治疗后的病毒持续应答反应(sustained virological response, SVR) 呢? 2012年,Sonneveld等收集了欧洲和亚洲11家医院205例接受PegIFN治疗的乙肝e抗原(hepatitis B e antigen, HBeAg) 阳性的乙肝患者,研究其IFN-λ3基因SNP与PegIFN治疗后血清HBeAg变化的关系,发现IFN-λ3基因rs12980275和rs12979860的基因型与患者血清中HBeAg的阳性率有相关性[49]。然而,Galmozzi等在日本及中国人群中进行了类似的研究,却未得到与Sonneveld等相同的结论,这可能是由研究对象、样本选择及治疗后的回访持续性等因素导致的差异,因此需要进一步的研究与证实[50]。
Domagalski等分析了52名接受PEG-IFNα-2a治疗的白种人儿童CHB的IFN-λ3和寡腺苷酸合成酶(oligoadenylate synthetase, OAS) 基因OAS的遗传变异,结果显示IFN-λ3基因的rs12979860和寡腺苷酸合成样酶(oligoadenylate synthetase like, OASL) 基因OASL的rs10849829以及OAS其他基因4个SNP构建的单倍型与接受干扰素治疗的儿童CHB的临床转归具有相关性[51]。然而,Wei等进行了类似研究后,却未证实IFN-λ3多态性影响CHB患者的PegIFNα-2a治疗效果[52]。最近,Vergori等测定了70名慢性HBV患者(80%白种人) IFN-λ3的6个SNPs (rs12980275、rs8105790、rs8099917、rs7248668、rs12979860和rs10853728) 的基因型,结合患者的HBsAg水平、HBV病毒载量和HBV基因型进行分析,结果显示IFN-λ3的SNP基因型与HBsAg水平具有相关性[53]。总而言之,不同研究组对IFN-λ3遗传变异与HBV感染者PegIFNs的SVR的相关性研究结论不一致,很可能与样本量、患者特征(包括种族和民族)、HBV基因型以及治疗方案的差异有关(表 1),还需进一步深入研究与探讨。
SNP | Wild-type/ variant allele | Population | Samples | Patient characteristics | HBV genotypes | Association with HBV (Yes/No) | References |
IFN-λ3 | |||||||
rs12979860 | C/T | European and Asian | 205 | + | A, B, C, D | Yes | [49] |
Caucasian | 52 | – | –b | Yes | [51] | ||
Asian and Caucasian | 701 | +, – | A, B, C, D | No | [52] | ||
Caucasian | 70 | –a | D | Yes | [53] | ||
rs12980275 | A/G | European and Asian | 205 | + | A, B, C, D | Yes | [49] |
Asian and White | 701 | +, – | A, B, C, D | No | [52] | ||
Caucasian | 70 | –a | D | Yes | [53] | ||
rs8099917 | T/G | Asian and Caucasian | 701 | +, – | A, B, C, D | No | [52] |
Chinese Han | 140 | –a | –b | Yes | [56] | ||
rs8105790 | T/C | Caucasian | 70 | –a | D | Yes | [53] |
IFN-λ4 | |||||||
rs368234815 | ∆G/TT | Thai | 254 | +, – | B, C | No | [54] |
European | 126 | – | D | Yes | [55] | ||
Chinese Han | 140 | –a | –b | No | [56] | ||
rs117648444 | C/T | European | 126 | – | D | Yes | [55] |
a: no survey about patient characteristics; b: no survey about HBV genotypes; +: HBeAg-positive; –: HBeAg-negative. |
除IFN-λ3外,IFN-λ4基因SNP rs368234815的多态性也常被用于研究CHB患者PegIFNs治疗效果的评估。Limothai对254名泰国HBV感染患者(107例HBeAg阳性和147例HBeAg阴性) 的rs368234815进行基因型测定,分析其与患者PegIFNs治疗效果的相关性,结果未发现二者之间具有显著相关性[54]。2017年,Galmozzi等对接受了PegIFNα治疗的126例欧洲HBeAg阴性的CHB患者进行基因组DNA测序分析,评估IFN-λ4的多态性与患者HBsAg水平的关系,发现IFN-λ4基因SNP位点rs368234815和rs117648444基因型的联合分析将有助于预测HBsAg阴性CHB患者的IFN治疗效果[55]。张迎明等分析了CHB患者IFN-λ3和IFN-λ4基因多态性对抗病毒治疗应答效果的影响,结果认为IFN-λ4基因的多态性可能对预测CHB患者的抗病毒治疗无明显的指导意义[56]。由此可见,IFN-λ4基因的遗传易感因素在不同人群的HBV感染者中可能扮演着不同的角色(表 1),需要扩大人群进行研究。
5 总结与展望总之,对HBV感染者进行的IFN-λ家族基因遗传多态性的相关研究较多,但多数研究集中于IFN-λ3和IFN-λ4基因的遗传变异,对IFN-λ1和IFN-λ2的遗传变异与HBV感染及致病相关的研究较少。虽然不同人群中该家族基因的研究结果未得到一致的结论,考虑可能是由于人群遗传特性、样本数量、治疗用药及分析方法的不同导致(表 1)。此外,IFN-λ家族基因的遗传变异是否对HBV感染、患者的病程进展及治疗效果具有联合影响作用未知。因此,极有必要在不同HBV感染人群中对IFN-λ家族基因遗传多态性开展深入研究与探讨,从而进一步证实其作用,为HBV的预防和个体化治疗提供理论基础。
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