米曲霉来源的S1核酸酶具有降解单链DNA或RNA的作用。在适当的条件下， 该酶能将不同的环形DNA分子从超螺旋转变成开环和线形结构，对质粒Puc19的实验证明, S1核酸酶的这种转变作用与加入的酶量呈正相关。在25μL总反应体积中，按100ng DNA加入5u至17u的S1核酸酶，能获得较高比例的线形DNA。由于微环DNA分子太小，单酶切位点的出现率较低，很难用常规方式进行克隆，以S1核酸酶进行线形化是微环DNA克隆的途径。pC3是已知最小的真核生物线粒体DNA类质粒（537bp），经S1核酸酶线形化后，成功地克隆到pMD18-T载体上。
白艳玲 杨之龙 乔明强 张秀明 周静 高才昌. S1核酸酶作用与微环DNA分子的克隆策略[J]. 生物工程学报, 2004, 20(2):
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