在原核表达中影响外源基因表达效率的因素有很多，这其中翻译起始效率起了非常重要的作用。翻译起始效率又主要受SD序列、SD序列与起始密码子之间的间距、DB（Downstream Box）序列、mRNA翻译起始区（TIR）的二级结构和稀有密码子等因素的影响。主要针对DB序列和5′端稀有密码子的优化设计了软件。通过计算机对序列进行分析比对后，按照匹配碱基数、匹配位置、密码子使用频率平均值的顺序进行排序，给出一些优化序列，并给出了软件算法。
许龙 李涛 周晓巍 黄培堂. 原核表达中优化起始密码下游序列的软件设计与实现[J]. 生物工程学报, 2006, 22(6):
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